토모큐브라는 기업, 홀로토모그래피 기술에 대한 기본적 분석은 이전 분석 글을 참고하면 된다.
전 분석글에서는 주로 동물 실험 의무 폐지라는 메가트렌드에 집중했다면, 이번 글에서는 기술을 적용하기 좋은 다양한 첨단 의료 기술 발전 모멘텀들을 망라하여 검토해보려고 한다.
결국 당면한 동물 실험 의무화 폐지 모멘텀이 다소 약화되더라도 의료/제약 기술 발전이라는 정해진 미래 방향성 속에서 빠른 외형 성장이 일어날 수밖에 없는 근거를 찾아보려고 한다.
홀로토모그래피 활용 분야와 토모큐브 전망
기존 광학 현미경은 형광 염색이나 표지 과정이 필요해 세포에 손상을 주거나, 살아있는 상태 그대로 장시간 관찰하기 어려웠다.
반면 홀로토모그래피는 엑스선 CT와 유사한 원리로 빛의 굴절률 분포를 측정하여 세포 내부까지 3D로 영상화하기 때문에 염색이나 표지 없이도 세포 소기관 수준의 해상도를 얻을 수 있다.
그 결과 세포를 손상시키지 않고 실시간으로 관찰할 수 있어, 기존 현미경으로는 불가능했던 다양한 바이오 연구의 한계를 극복하고 있다.
홀로토모그래피 첨단바이오 분석 전략 소개 | 연구성과 > Bio뉴스 > 동향 | BRIC

비염색 방식과 기존 형광 라벨링 방식의 차이, 세포에 미치는 영향

홀로토모그래피 영상에서 굴절률(n) 값이 높은 영역(노란색~빨간색 원으로 표시)이 형광 염색된 지질 방울 위치와 대부분 겹친다(기존 형광 염색 결과로 얻은 정보는 모두 얻을 수 있으면서 보다 많은 정보를 얻을 수 있는 이미지를 제공한다)
Label-free 방식이란 세포나 조직을 형광 물질이나 염색약으로 표지(labeling)하지 않고 자체적인 광학적 특성을 이용해 관찰하는 기법을 말한다.
홀로토모그래피와 같은 Label-free 방식은 세포가 가진 굴절률 분포 등 고유 물리적 특성을 측정하여 이미지를 형성하므로 별도의 염색이 필요 없다.
이에 반해 형광 라벨링 방식은 관찰하고자 하는 표적 분자에 형광물질을 붙여 빛을 내게 함으로써 간접적으로 이미징하는 방법아다.
형광 라벨링은 특정 구조나 단백질을 선명하게 볼 수 있는 장점이 있지만,
세포를 전처리(고정, 투과 등)하거나 형광 물질을 도입해야 하므로 시료 준비가 번거롭고,
형광 단백질 발현이나 염색을 위해 세포를 조작하면 며칠이 소요되며,
이렇게 조작된 세포는 실험 후 다시 활용하기 어렵다는 한계가 있다.
두 방식은 세포에 미치는 영향 면에서 큰 차이가 있다.
형광 라벨링은 세포에 외부 물질(형광염료나 표지 단백질)을 넣어야 하므로 세포의 행동이나 기능을 변화시킬 위험이 있다.
형광 표지는 세포의 행동과 기능을 변화시켜 데이터 해석을 어렵게 만들 수 있으며, 표지 자체가 세포에 광독성을 유발해 이미징 과정에서 세포를 손상시킬 수 있다.
또한, 강한 광원으로 형광을 여기하면 세포가 스트레스를 받아 정상적인 생리활성을 잃거나,
형광신호가 서서히 사라지는 광표백 현상도 발생한다.
반면 Label-free 방식은 어떤 염색이나 형질전환이 필요 없기 때문에 세포에 화학적·물리적 교란을 주지 않는다.
살아있는 세포를 그대로 둔 채 있는 그대로의 상태에서 관찰할 수 있어,
관찰된 세포 행동이나 반응이 생리적으로 보다 의미있는 결과라고 볼 수 있다.
복잡한 모델로 갈수록 비교란적인 비표지 기법의 필요성이 커지며,
화학적 교란 없이 관찰해야 세포의 생리학적 반응을 정확히 파악할 수 있다.
AI-Powered Label-Free Live-Cell Analysis Outshines Fluorescent Dyes in the Cancer Fight

요컨대 Label-free 기법은 세포 독성이나 손상 없이 장기간 살아있는 세포를 실시간 관찰할 수 있어, 세포의 자연스러운 상태와 동태를 연구하는 데 유리하다.
다만, Label-free 기법을 적용할 경우 형광 기법 대비 훨씬 풍부한 데이터를 얻을 수 있어,
오히려 이를 완전히 객관적이고 표준화된 방법으로 해석하는 문제가 발생하여 AI 도입이 적극적으로 검토되고 있다.
이러한 ‘Label-free 기법+AI’ 방법론을 도입할 경우 학습을 통해 ‘형광 기법+연구자의 해석’ 방법론 대비 훨씬 풍부하고 창의적인 결과물들을 통해 첨단의학 발전에 기여하고 있다.
AI-Powered Label-Free Live-Cell Analysis Outshines Fluorescent Dyes in the Cancer Fight


홀로토모그래피 활용 분야
특히 비염색∙비파괴적인 이미징이 가능하다는 점에서 다양한 첨단 바이오 분야에서 기존 대안 기술들이 갖는 한계를 극복하며 활발히 도입이 검토되고 있다.
표지나 염색 없이도 세포를 살아있는 그대로 장시간 관찰할 수 있다는 점은, 배양 세포나 조직을 반복적으로 모니터링해야 하는 모든 생명과학 연구에서 큰 강점이다.
또한 3차원 정량 분석이 가능하여, 세포의 굴절률 분포로부터 건조중량, 부피, 형태학적 지표들을 추출함으로써 새로운 정밀의료 지표를 제공할 수 있다.
이러한 차별화된 성능 덕분에, 홀로토모그래피는 첨단 바이오 분야 연구자들에게 “없던 데이터를 얻을 수 있는” 획기적인 도구로 인식되고 있다.
암치료 혁신 이끌 원천기술 소개…토모큐브, 차세대 플랫폼 ‘시선집중’ – 아시아경제

홀로토모그래피의 적용이 기대되는 주요 첨단 바이오 분야는 다음과 같다.
오가노이드 및 신약개발
사람 장기를 모사한 3차원 세포집합체인 오가노이드(organoid)는 신약 개발 과정에서 동물실험을 대체할 기술로 각광받고 있다.
홀로토모그래피로 오가노이드 내부 구조와 세포 변화를 실시간 관찰하면 약물 반응을 정량적으로 평가할 수 있어, 신약 후보물질의 효과와 독성을 빠르게 스크리닝할 수 있다.
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대안 기술인 2D 현미경이나 조직 염색은 오가노이드를 파괴해야 하지만,
홀로토모그래피는 전처리 없이 살아있는 오가노이드를 세포 손상 없이 관찰할 수 있어 혁신적인 연구가 가능하다.

이는 동물실험 없이 사람 세포 기반으로 신약 효능을 평가하는 표현형 기반 신약개발(PDD)에 유리하며,
토모큐브는 기존 현미경 데이터로 학습한 AI도 얻지 못하는 “염색되지 않고 손상 없는” 세포 데이터를 제공하며, 해당 데이터에 대한 독점적 접근권을 확보한다는 강점이 있다.
실제로 글로벌 선도기업 Recursion Pharma가 방대한 현미경 데이터를 활용하지만, 토모큐브만이 살아있는 세포의 비염색 3D 데이터를 제공할 수 있다는 점이 차별화된다.
※ 표현형 기반 신약 개발-오가노이드/홀로토모그래피(Chat GPT)
= ‘표현형 기반 신약 개발’은 기존 ‘타겟 기반 개발’ 대비 임상 효능, 혁신 신약 발견 가능성에서 우월하나, 복잡한 인체 반응 정밀 관찰이 필요하여 오가노이드/2세대 홀로토모그래피 기술 적용이 필수적
표현형 기반 신약개발(Phenotypic Drug Discovery)이란 질병 관련 표적 단백질을 미리 특정하지 않은 채,
세포나 생물에서 나타나는 표현형(phenotype) 변화를 기준으로 활성을 가진 화합물을 찾아내는 접근법을 말합니다.
다시 말해, 질병 모델 시스템(세포, 오가노이드, 동물 등)에 수많은 후보 물질을 처리한 후 세포의 형태나 생존, 기능적 변화 등 관찰 가능한 표현형 변화를 통해 약효를 선별해 내는 방식입니다.
타겟 기반 신약개발(Target-based Discovery)은 반대로 특정 분자 표적(예: 효소, 수용체 등)을 미리 설정하고,
그 표적과 결합하거나 활성을 조절하는 물질을 탐색하는 접근법입니다.
이 두 접근법의 가장 큰 차이는 출발점에 있습니다.
타겟 기반은 가설에 기반하여 분자 수준에서 시작하는 “위에서 아래” 방식인 반면,
표현형 기반은 복잡한 생물학적 효과에서 시작해 그 원리를 거꾸로 추적하는 “아래에서 위” 방식이라 할 수 있습니다.
표현형 스크리닝은 질병의 복잡한 경로를 반영하는 새로운 기전(first-in-class)의 약물을 발견할 가능성이 높지만,
작용 표적을 사후에 규명해야 하는 도전과제가 있습니다.
반면 타겟 기반 접근은 기전이 명확한 “개선형 약물(best-in-class)”을 만들기 유리하고 개발 과정이 구조화되어 있지만, 인간 생리의 복잡성을 충분히 반영하지 못해 표적이 명확해도 임상 효능이 낮은 문제가 있을 수 있습니다.
제약업계에서는 표현형 스크리닝이 혁신 신약을 발굴하는 데 더 유리하지만,
히트 물질의 작동 기전 확인(타겟 동정) 등이 어려워 비용과 시간이 증가하는 양면이 있다고 보고합니다.
이에 최근에는 두 접근법을 조합하거나, 표현형 결과를 유전체 분석과 연계해 기전을 규명하는 등 보완적인 전략이 활용되고 있습니다.
오가노이드와 홀로토모그래피는 표현형 기반 신약개발의 한계를 보완하고 성공 가능성을 높이는 데 핵심적입니다.
오가노이드(organoid)는 줄기세포로부터 유래되어 시험관에서 자란 미니 장기 유사체로,
실제 인간 장기의 구조와 기능을 부분적으로 재현한 3차원 세포 집합체입니다.
기존의 2차원 세포배양으로는 복잡한 인체의 반응을 모두 나타내기 어려운데,
오가노이드는 다양한 세포 종류와 3D 구조를 가져 인체 조직의 미세환경과 세포간 상호작용까지 모사하기 때문에 보다 정교한 생리학적 모델을 제공합니다.
표현형 기반 스크리닝에서 오가노이드를 사용하면 약물이 인체 유사 환경에서 나타내는 효과와 독성을 더욱 잘 포착할 수 있어,
초기 개발단계에서 임상 성공률을 높일 수 있는 자료를 제공합니다.
실제로 어떤 약물이 오가노이드에서 유의미한 치료 효과를 보이면 동물모델이나 임상에서도 효과적일 가능성이 높다는 연구들이 나오고 있습니다.
그러나 오가노이드는 입체적이고 불균질한 두꺼운 조직이기 때문에,
이를 실시간으로 분석하기 위한 고성능 이미징 기술이 필수적입니다.
기존의 현미경으로 오가노이드를 관찰하려면 잘라서 염색하는 등 시료 준비가 필요했고,
형광현미경으로 3D 촬영도 해보았지만 여전히 표지 과정으로 인한 세포 손상(광독성 등) 문제가 남았습니다.
홀로토모그래피는 이런 한계를 극복해줍니다.
홀로토모그래피는 레이저나 LED 광원을 이용하여 시료를 여러 각도에서 투과한 빛의 위상 변화를 측정함으로써 세포의 3차원 굴절률 지도를 재구성하는 기술입니다.
이 기술의 장점은 시료를 투과하여 영상화하므로 두꺼운 조직도 깊게 관찰할 수 있고,
염색 없이 굴절률 차이만으로 구조를 볼 수 있어 세포 손실이나 손상 없이 장시간 추적이 가능하다는 점입니다.
2세대 홀로토모그래피 현미경은 살아있는 오가노이드를 해부하거나 염색하지 않고도 실시간 3D 관찰이 가능하며,
이는 오가노이드 기반 독성 평가나 약물 효능 검증의 새로운 표준 기술로 부상할 잠재력이 있다고 평가받습니다.
나아가 AI 기반 영상 분석과 결합하면 오가노이드 실험에서 나타나는 미묘한 표현형 변화를 정량화하여 약물의 효과를 객관적으로 판별할 수도 있습니다.
토모큐브社는 NIH 산하기관(NCATS) 및 글로벌 제약사와 협력하여 홀로토모그래피+AI로 오가노이드 약물평가를 표준화하는 연구를 진행 중이며,
이러한 노력이 결실을 맺으면 전임상 단계에서 표현형 기반 약물선별의 효율이 크게 향상될 것으로 전망됩니다.
요컨대 표현형 기반 접근에서는 오가노이드가 현실성 높은 질병 모델을 제공하고,
홀로토모그래피는 비침습적 3D 실시간 분석도구로서 오가노이드와 세포의 약물 반응을 손상 없이 관찰하게 해주는 필요불가결한 역할을 합니다.
이를 통해 보다 정확하고 예측력 높은 신약 후보 선별이 가능해져, 기존 타겟 기반 접근의 한계를 보완할 수 있습니다.
난임 치료 및 체외수정(IVF)
시험관 배양된 수정란(배아)을 손상 없이 실시간 관찰할 수 있어,
배아 선별과 배양에 홀로토모그래피 활용이 기대된다.
현재 IVF 클리닉에서는 배아를 주기적으로 현미경으로 관찰하지만,
일반 광학영상으로는 배아 내부 상태를 정밀하게 파악하기 어렵다.
홀로토모그래피는 배아에 손상을 가하지 않고 3D 구조와 세포분열 동향을 촬영하여 발달 정도나 이상 유무를 판단할 수 있다.
이는 배아에 스트레스를 주지 않고 최적의 이식 배아를 선택하는 데 도움이 되어 IVF 성공률을 높일 잠재력이 있다.
토모큐브는 이 체외수정 분야에 특화된 홀로토모그래피 장비를 개발하여 출시할 계획을 세울 만큼 해당 시장에 높은 활용도를 보고 있다.

토모큐브는 홀로토모그래피 기술의 응용 범위를 확대하며, IVF(체외수정) 분야를 향후 핵심 진출 시장 중 하나로 공언하고 있다.
IPO 당시 투자설명서에서는 현미경 장비 판매 외에 “IVF, 세포치료제, 신약개발 등 고부가가치 바이오 분야로 사업을 확장해 나갈 계획”을 명시하고 있다.
토모큐브/투자설명서/2024.10.25

현재 체외수정 배양 과정에서는 배아를 표지 없이 형태와 분할 양상 등으로 선별하는데,
토모큐브는 여기서 비표지 3D 이미징 기술이 큰 강점을 가질 것으로 판단하고 있다.
토모큐브 박용근 대표는 기자간담회에서 “홀로토모그래피 기술이 오가노이드, IVF(체외수정), 세포치료제, 신약개발 등에서 주목받고 있으며,
아직 표준 기술이 없는 이들 시장에 홀로토모그래피 기반 표준을 제시함으로써 회사의 수익을 극대화할 수 있을 것”이라고 밝혔다.
토모큐브 “홀로토모그래피 기술로 바이오 분석 분야의 대표 기업으로 성장할 것”

현재 토모큐브는 이러한 비전을 실현하기 위해 공모자금 중 약 116억원을 오가노이드 및 체외수정 시장 선점을 위한 연구개발에 투입할 계획이며,
특히 체외수정 시장 선점을 위해서는 IVF 분야 전용 홀로토모그래피 시스템을 개발하고 상용화하기 위한 특화 장비 및 SW 개발에 R&D 자금을 투입하고 있다.
토모큐브, 생산시설 4배로 확장…”HT 기술로 신의료산업 진출“

이는 결과적으로 배아의 생존력 및 질을 비침습적으로 평가하는 새로운 이미징 솔루션이 될 가능성이 높다.
실제 체외수정 분야의 글로벌 기업과 협력 논의도 이루어지고 있는데,
’23년 말 에스코 메디컬(Esco Medical) 등이 토모큐브의 HT-X1 Plus 시스템에 관심을 보이며 공동 마케팅을 진행한 사례가 있어 토모큐브 기술의 IVF 분야 적용 가능성을 엿볼 수 있다.
타임랩스 기술(배아 모니터링 기술)에 대한 회의론
최근 랜싯(Lancet)에 발표된 대규모 무작위 임상연구에 따르면, 타임랩스 기술을 활용한 배아 선별이 IVF 성공률(출산율)을 유의하게 높이지 못한다는 결과가 보고되었다.
[메디칼타임즈] 난임병원에서 홍보하는 타입랩스 아무 효과 없다

영국·홍콩 7개 센터, 1,575명을 대상으로 한 이 연구에서 타임랩스로 배아를 관찰하며 선별에 개입한 군의 출산율(33.7%)은 전통적 방법을 쓴 군(33.0%)과 통계적으로 차이가 없었고, 타임랩스를 써도 개입하지 않은 군(33.6%)과도 유사했다.
연구진은 “이론적으로 탁월해 보이는 첨단 기술이 실제 임상결과로는 전혀 이어지지 않을 수 있음을 보여주는 예”라고 평하며,
많은 전문가들이 기대했던 타임랩스 배아선별의 효과가 입증되지 않았다고 지적했다.
이러한 결과로 인해 일시적으로 타임랩스 장비의 효용성에 의문이 제기되고, 일부에서는 “차라리 해당 예산으로 배양실 환경 등을 개선하는 편이 낫다”는 비판도 나왔다.
그럼에도 불구하고 타임랩스 기술의 도입 추세는 앞으로도 증가할 가능성이 있다.
이는 단지 “성공률 향상” 여부만으로 평가할 수 없는 부가가치들 때문이다.
배아 관리의 안정성 : 타임랩스 배양 시스템을 쓰면 배아 관찰을 위해 매일 배양기 밖으로 꺼낼 필요가 없어, 배아가 외부에 노출되는 횟수를 줄이고 안정적인 배양 환경을 유지할 수 있다.

이는 비록 출산율을 올리지 못해도 배아 생존과 정상 발달을 돕는 중요한 관리상의 이점이다.
연속 모니터링과 데이터 활용 : 시간당 수십~수백장의 이미지 데이터를 축적하는 타임랩스는 배아 발달의 전 과정을 영상으로 기록하기 때문에,
배아의 분할 패턴, 핵 분열 간격, 세포 수 증가 곡선 등 미세한 발달 동향을 파악할 수 있다.
이러한 풍부한 데이터는 AI 등과 결합한 알고리즘 개발을 통해 미래에 배아 선별의 정밀도 향상으로 이어질 잠재력이 높다.
실제로 국내 일부 병원들은 타임랩스에 인공지능 분석 시스템을 접목한 “AI 타임랩스” 기술을 도입하여 착상률을 높이고 유산율을 줄이는 연구를 시도하고 있다.
객관화 및 표준화 : 배아 평가는 여전히 배양사의 숙련도와 주관에 영향을 받을 수밖에 없다.
타임랩스는 배아 영상을 컴퓨터가 자동 분석할 수 있게 하는 발판을 마련함으로써, 향후 객관적 배아 등급 판정 기준을 세우는 데 기여할 수 있다.
이러한 표준화 노력은 비록 단기 임신율 변화는 미미해도, 전체 IVF 프로세스의 효율성과 투명성을 높이는 가치가 있다.
환자와 시장의 수요 : 난임 치료 분야에서 환자들은 최신 기술 도입 여부를 높은 성공률의 간접 지표로 받아들이는 경향이 있다.
배아 타임랩스 영상을 제공하며 발달 과정을 직접 보여주는 서비스는 환자 만족도를 높이고 병원의 마케팅 포인트가 될 수도 있다.
따라서 대형 난임센터들을 중심으로 설령 효과가 통계적으로 입증되지 않았더라도 차별화된 서비스로서 타임랩스 인큐베이터를 도입하려는 수요는 이어질 수밖에 없다.
타임랩스 회의론과 난임치료 분야 홀로토모그래피 기술 활용도
한편, 홀로토모그래피 기술의 활용에 대해서는 타임랩스와 별도로 긍정적인 전망을 볼 수 있다.
홀로토모그래피는 단순한 2D 영상이 아닌 3D 정량데이터를 제공하기 때문에,
기존 타임랩스 연구에서 효과를 못 보인 원인을 새로운 지표로 보완해 줄 수 있다.
예를 들어 앞서 언급한 연구처럼 홀로토모그래피로 얻은 배아의 굴절률 분포 변화,
부피 증가 양상, 세포 내 밀도분포 등의 지표가 결합되면 향후 배아 선택의 정확도가 개선될 가능성이 있다.
나아가 홀로토모그래피는 배아뿐만 아니라 정자와 난자 등 다양한 생식세포에 응용될 수 있다.
실제 리뷰 논문들에서 정량 위상 이미징(QPI) 기법은 정자 운동성과 형태 평가, 난자 성숙도 평가 등에서 기존 방식보다 뛰어난 결과를 보였다고 보고되며,
염색이나 표지를 하지 않고도 생식세포의 품질을 판단하는 혁신적 도구로 인정받고 있습니다.
Label-free, high-throughput holographic imaging to evaluate mammalian gametes and embryos† – PubMed

Tomocube는 3차원 굴절률 측정을 이용한 정자 세포 상태 분석 방법 등에 대한 특허를 확보하여 (일반 현미경으로는 어려운) 정자의 건강도와 손상 여부를 측정하는 방식을 제시했다.
이러한 분야에서는 타임랩스의 효과 논란과 무관하게 홀로토모그래피의 활용도가 높을 것으로 보인다.
즉, 배아 타임랩스의 유효성 입증 부족으로 해당 장비의 선호가 다소 주춤할 수는 있어도,
홀로토모그래피 자체는 배아 연구, 정자·난자 평가, 배아 발생학 연구 등 독자적인 가치를 지니므로 난임 시술 분야에서의 존재감은 이어질 전망이다.
다만, 궁극적으로 홀로토모그래피가 임상적 성공률을 향상시킨다는 증거가 축적되어야 본격적인 광범위 상용화로 연결될 것이며,
향후 몇 년간은 첨단 연구 중심으로 활용이 증가하다가 임상 데이터 확보에 따라 점진적으로 표준화될 것으로 예상된다.
재생의료 및 줄기세포 연구
줄기세포를 이용한 재생의료 연구에서도 홀로토모그래피가 각광받는다.
예를 들어 줄기세포가 조직으로 분화하는 과정을 살아있는 상태로 추적하거나,
조직공학적으로 만든 3D 조직(예: 미니 장기)을 전처리 없이 관찰할 수 있다.

이는 세포 치료제 개발이나 조직 이식용 세포배양에서 세포의 생존과 분화 상태를 실시간 모니터링하는 데 유용하다.
기존에는 형광 표지로 특정 분화표지자를 검출해야 했지만, 홀로토모그래피는 세포 자체의 굴절률 변화로 분화 상태를 파악할 수 있어 세포를 손상시키지 않는다.
KAIST 연구진은 홀로토모그래피로 150㎛ 두께의 두꺼운 조직 시편도 염색 없이 관찰하는 기술을 개발하여, 췌장·대장 등의 생체조직을 고해상도로 볼 수 있음을 입증했다.
이러한 능력은 3차원 생물학과 재생의학 분야 기초연구 혁신을 이끌 수 있는 것으로 평가된다.
Tomocube, Insights From the Customer ‘Holotomography 2.0’ – 바이오스펙테이터

환자 맞춤형 정밀의료
환자 유래 세포나 오가노이드로 치료법을 시험하는 맞춤형 의료에서도 활용도가 높다.
예를 들어 암 환자의 종양 오가노이드를 배양해 여러 항암제를 투여한 뒤, 홀로토모그래피로 각 오가노이드의 부피 변화나 세포사멸 정도를 실시간 측정하면 가장 효과적인 약물을 신속히 찾아낼 수 있다.
별도의 형광처리 없이 세포의 굴절률 변화를 통해 세포 밀도나 소기관 변화를 정량화할 수 있어, 환자 맞춤형 치료 반응을 빠르고 정확하게 확인하는 도구로 적합하다.
세포치료제 생산 및 품질관리(QC)
면역세포 치료제나 줄기세포 치료제를 제조하는 과정에서도 홀로토모그래피가 세포 품질을 모니터링하는 역할을 할 수 있다.
살아있는 치료세포를 염색 없이 관찰해 세포의 활력, 크기, 내재된 소기관 상태 등을 측정함으로써, 세포치료제의 품질 검증을 실시간으로 수행할 수 있다.
기존에는 일부 샘플을 채취해 염색 후 현미경으로 보거나, FACS로 분석하는데 이는 세포를 소모하고 시간이 걸린다.
홀로토모그래피는 세포를 희생시키지 않고도 모든 세포의 상태를 영상으로 점검할 수 있어,
생산 전과정을 모니터링하거나 분화/배양 과정의 이상을 조기에 발견하는 데 도움이 된다.
FACS 분석시 세포 소모 이유와 홀로토모그래피의 비교우위에 대해서는 Chat GPT를 활용하여 분석/정리해봤다.
세포치료제 개발시 홀로토모그래피의 비교우위
세포치료제 개발 과정에서는 투여할 세포들의 특성 규명과 분리를 위해 FACS(형광 활성 세포 분류기, 유세포 분석 및 분리 기술)가 광범위하게 활용됩니다.
유세포 분석(Flow Cytometry)은 셀 수 있는 튜브나 칩을 통해 세포 하나하나를 빠르게 지나가게 하면서,
표면에 붙인 형광 표지로 각각의 세포 특성을 감지·기록하는 기술입니다.
이를 이용하면 세포 개별의 표현형(예: 특정 표면마커 발현 여부)을 정량화할 수 있고,
원하는 특성을 가진 세포만을 분류(sort)하여 수집할 수도 있습니다.
예컨대 CAR-T 세포치료제 제조 시 환자의 T세포 중 특정 면역세포 집단을 FACS로 골라내거나,
유전자 도입 후 CAR 발현이 잘 된 세포를 형광 항체로 염색하여 선별하는 식입니다.
또한 세포치료제의 품질관리(QC) 단계에서도 유세포 분석은 핵심 도구로,
최종 세포 제품의 순도, 생존율, 표지자 발현 등을 검증하는 데 사용됩니다.
“Flow cytometry is a critical analysis tool used throughout the development process – from quality control of starting materials to characterization of the final product”*라는 설명처럼,
FACS는 세포치료제 연구개발의 다수 단계에 걸쳐 반드시 요구되는 분석 기술의 기초 방법론입니다.
그러나 FACS 활용에는 세포 소모 문제가 수반됩니다.
첫째, 유세포 분석을 하려면 세포에 형광 표지용 항체나 염료를 처리해야 하는데,
이렇게 염색된 세포는 환자에 투여하기 어렵거나 불가능합니다.
세포 표면에 결합한 형광 항체가 남아있으면 환자 체내에서 예측하지 못한 면역반응을 일으킬 수 있고,
핵산 염색 시약 등은 세포에 독성을 줄 수도 있어 치료제로 쓸 수 없습니다.
따라서 제조한 세포치료제 중 일부는 품질 시험(FACS 분석)을 위해 희생(샘플링)되어 폐기되어야 합니다.
예를 들어 1억 개의 세포를 생산했다면 그 중 수백만 개는 표지 염색과 FACS 검사에 사용하고 버려야 하므로,
실제 환자에게 투여할 수 있는 세포 수가 줄어드는 것입니다.
특히 환자 유래 세포를 증식시켜 만드는 치료제의 경우 세포 숫자가 곧 치료효과와 직결되는데,
품질검사로 상당량 세포를 소모하면 치료에 활용 가능한 세포량이 감소하는 문제가 있습니다.
둘째, FACS 과정 자체에서 물리적 스트레스로 인한 세포 손실이 발생할 수 있습니다.
세포를 미세유체 관을 통해 빠르게 흘려보내고 레이저를 조사하는 과정에서 일부 세포는 손상되거나 회수되지 못하고 버려지기도 합니다.
또한 분류(sort) 모드로 FACS를 수행하면 목표 세포 외의 나머지 세포들은 폐기되는 경우가 많아,
원하는 세포를 얻는 대가로 상당수 세포를 잃게 됩니다.
요컨대 FACS를 통한 분석·분류는 필연적으로 세포의 일부를 소모시키며, 생산된 세포 중 100%를 환자치료에 쓰지 못하게 만드는 요인이 됩니다.
홀로토모그래피의 비교 우위는 이러한 FACS의 한계를 극복할 수 있는 비표지·비파괴 분석이라는 데에 있습니다.
우선 홀로토모그래피는 세포에 어떤 형광표지도 붙이지 않고 굴절률만으로 세포를 식별하거나 특징을 파악하므로,
분석 후에도 세포를 그대로 살려서 보존할 수 있습니다.
이는 검사용 세포 희생을 줄이거나 아예 없앨 가능성을 의미합니다.
예를 들어 어떤 세포치료제 제품에서 T세포의 활성 정도나 분화 상태를 확인하려 할 때,
기존에는 일부를 떼어내어 형광항체로 염색한 뒤 FACS로 확인했다면,
홀로토모그래피를 쓰면 배양중인 전체 세포를 살아있는 상태로 바로 3D 영상 촬영하여 세포 내부 구조와 상태를 파악할 수 있습니다.
토모큐브의 홀로토모그래피 기술은 세포 손실이나 변형 없이 살아있는 세포를 실시간 3D 고해상도로 관찰할 수 있으므로,
세포치료제 제조 과정에서 필요한 정보를 얻으면서도 세포를 낭비하지 않게 할 잠재력이 있습니다.
또 한 가지 강점은, 형광 표지에 따른 세포 행동 변화가 없다는 것입니다.
앞서 말했듯 형광 표지는 세포에 스트레스를 주거나 희귀한 세포일수록 표지에 민감할 수 있는데,
홀로토모그래피는 희귀한 세포군도 그대로 두고 분석하므로 세포 고유의 상태를 유지한 채 특징을 얻어낼 수 있습니다.
실제 Sartorius 보고에 따르면 “환자유래 희귀 세포들은 라벨링에 덜 내성이 있을 수 있다”고 하는데,
라벨 프리 기법은 이러한 민감한 세포에도 적용 가능한 이점이 있습니다.
아울러 홀로토모그래피는 세포 형태와 내부 구성 성분을 정량화하는 데이터를 제공하므로,
AI를 활용하면 특정 세포 표지자 발현 유무를 간접적으로 예측하거나 세포 생존율을 자동 분류하는 등 새로운 분석도 가능합니다.
이미 라벨 없이 세포의 생존/사멸을 판별하는 AI 모델이 보고되고 있으며,
여러 종류의 면역세포를 굴절률 영상으로 동정하는 연구들도 진행되고 있습니다.
이러한 기술이 상용화된다면, 굳이 FACS로 형광 염색을 하지 않아도 홀로토모그래피로 세포치료제의 품질검사를 수행할 수 있게 될 전망입니다.
물론 현 단계에서 홀로토모그래피가 FACS를 완전히 대체할 수 있는 것은 아닙니다.
FACS는 여전히 여러 표지자의 정확한 정량 측정과 원하는 세포의 실제 분리에 강점이 있습니다.
그러나 토모큐브와 같은 업체들이 추진하는 AI 접목 홀로토모그래피 플랫폼은 장차 세포치료제 분야의 새로운 표준 기술로 자리잡을 가능성을 보여주고 있습니다.
토모큐브 측은 “현재 표준 기술이 부재한 세포치료제 분석 시장에서 홀로토모그래피 기반 기술 표준을 제시함으로써 수익을 창출하겠다”고 밝히며 이 분야에 대한 자신감을 드러냈습니다.
이는 곧 홀로토모그래피가 가진 세포 비표지 분석의 이점 – 세포를 아끼면서도 필요한 정보를 얻는 능력 – 을 바탕으로, 세포치료제 개발 공정의 효율과 정확도를 높일 수 있으리란 기대를 갖게 합니다
토모큐브 2세대 장비는 특히 면역세포(예: CAR-T 세포)와 줄기세포의 3D 이미징에 초점을 맞추고 있어, 향후 세포치료제 공정의 표준 QC 장비로 자리잡을 가능성이 있다.
Tomocube, Insights From the Customer ‘Holotomography 2.0’ – 바이오스펙테이터

체외진단 및 병리분석
혈액 세포 진단, 미생물 검사, 디지털 병리 등 체외진단(IVD) 분야에서도 홀로토모그래피 활용이 검토된다.
예를 들어 말라리아 같은 기생충 감염된 적혈구의 굴절률 변화를 탐지하거나,
패혈증 환자의 혈액에서 세균을 분별하는 등 염색 없이 병원체나 혈구의 이상 징후를 판별하는 연구가 진행되고 있다.
또한 조직병리 진단에서도 염색한 조직 슬라이드를 3D로 기록하거나, H&E 염색 슬라이드의 영상을 AI와 함께 분석하여 병리 진단에 활용하려는 시도가 있다.
기존 병리학은 얇게 자른 조직을 2D 염색하여 현미경으로 보지만, 홀로토모그래피를 응용하면 얇게 자르기 어려운 조직도 150μm 두께까지 3D 관찰할 수 있고,
조직의 굴절률 지도를 통해 악성 변화 등을 정량적으로 분석할 수 있다.

이처럼 비표지 3D 영상 데이터는 AI 기반 디지털 병리의 새로운 바이오마커로 활용될 수 있다는 연구도 제시되고 있습니다.
암 생물학 및 기타 생명과학 연구
암세포의 성장과 사멸, 세포 간 상호작용, 액-액 상분리 현상(LLPS) 등 세포 역동성(Dynamics) 연구에 홀로토모그래피가 유용하다.
예를 들어 암세포가 약물 처리 후 부피나 굴절률이 변화하는 과정을 추적하면 세포사멸 여부를 실시간으로 파악할 수 있다.
또 면역세포가 암세포를 살해하는 과정, 세포 내 스트레스 과립이 형성되는 현상 등을 3D 타임랩스 영상으로 관찰하여 정량화할 수 있다.
이러한 실시간 3D 영상 데이터는 과거엔 얻기 어려웠던 것으로, 홀로토모그래피를 통해 암 연구와 세포생물학의 새로운 발견들이 이루어지고 있다.
박용근 KAIST 교수팀이 발표한 최신 리뷰 논문에서도 3차원 생물학, 재생의료, 암 연구 등 다양한 분야에서의 홀로토모그래피 적용 사례와 잠재력을 소개하고 있으며,
이 기술이 향후 첨단 바이오산업의 핵심 플랫폼으로 발전할 수 있음을 전망하고 있다.
암치료 혁신 이끌 원천기술 소개…토모큐브, 차세대 플랫폼 ‘시선집중’ – 아시아경제

각 분야별 홀로토모그래피 장비 수요 및 성장 전망
앞서 열거한 분야들의 시장 성장세가 매우 가파르기 때문에, 해당 분야에 특화된 홀로토모그래피 장비 수요도 향후 크게 증가할 것으로 예상된다.
주요 분야별 전망을 살펴보면 다음과 같다.
오가노이드 및 신약개발 시장 성장
글로벌 오가노이드 시장 규모는 ’23년 약 $1.3B에서 ‘31년 $6B로 성장이 전망되며,
연평균 성장률(CAGR)이 22%를 초과한다.
Organoids Market Size, Share, Scope, Growth, Trends & Forecast

제약사들은 동물모델 대신 인간 오가노이드를 활용한 약효 테스트를 적극 도입하는 추세이며,
각 연구실에서 오가노이드의 3D 이미징과 분석 수요가 폭증하고 있다.
라이브셀 3D 이미징 능력을 갖춘 홀로토모그래피 장비에 대한 수요도 증가할 것이다.
실제로 토모큐브는 오가노이드 연구에 최적화된 신제품을 개발하여 공급할 계획인데,
이는 이 분야 장비 수요의 성장을 선점하기 위한 전략이다.
IVF(체외수정) 및 난임 치료 분야
전세계적으로 난임 치료 건수가 꾸준히 늘면서, 시험관 배아를 배양하면서 시간별로 촬영하는 타임랩스 이미징 장비 시장이 급성장하고 있다.
글로벌 IVF 타임랩스 이미징 장비 시장은 ’23년 약 $400M에서 ’30년 $1.7B까지 성장할 것으로 예측되며, 연평균 23.7%의 높은 성장률을 보일 것으로 분석된다.
IVF Time-lapse Imaging Devices Market Size Report, 2030

배아 배양 인큐베이터에 카메라를 부착한 기존 장비들이 보급되고 있지만,
배아의 내부 정보를 제공하지 못한다는 한계가 있다.
이에 따라 비파괴적으로 배아의 세포 상태를 정밀 관찰할 수 있는 홀로토모그래피에 대한 IVF 클리닉들의 관심이 높아지고 있다.
토모큐브는 IVF 시장 맞춤형 2세대 홀로토모그래피 장비를 준비하고 있으며,
연간 생산능력을 기존 70대 수준에서 300대로 확대하는 등 향후 수요 증가에 대비하고 있다.
난임 클리닉, 배아연구 센터 등을 중심으로 해당 장비의 도입이 늘어날 전망이다.
세포∙유전자 치료제 및 재생의료 시장
글로벌 세포치료제 시장은 ’23년 약 $4.7B에서 ’30년 $20B를 넘어설 것으로 예상되며,
연평균 20~30% 이상의 폭발적 성장세를 보이고 있다.

여기에 줄기세포를 활용한 재생의료까지 합치면 시장 규모는 더욱 커진다.
이런 첨단 세포치료 분야에서는 생산 공정의 모니터링, 세포 특성 분석에 대한 정밀기기 수요가 동반 상승한다.
CAR-T 같은 면역세포 치료제 생산시설이나 줄기세포 배양 공정에서,
세포를 실시간 모니터링할 수 있는 홀로토모그래피 장비의 도입이 늘어날 것으로 기대된다.
예를 들어, 세포 치료제 제조사들이 제품 출하시 세포 생존율과 형태를 100% 검사해야 하는 니즈가 커지고 있는데,
기존에는 일부 샘플로 간접 추정하던 것을 홀로토모그래피로 전수 실시간 검사하는 식의 활용이 가능해진다.
높은 단가에도 불구하고, 품질관리 및 연구 목적에서 이 분야의 장비 투자 수요는 지속 증가할 전망이다.
정밀의료 진단 및 병리 분야
액체생검, 세포진단, 디지털병리 등의 시장도 꾸준히 성장 중이다.
예컨대, 혈액 내 암세포 탐지, 희귀순환세포 분석, 세균 감염 진단 등에 기존 현미경 대신 3D 위상영상(QPI)을 활용하려는 움직임이 있어 홀로토모그래피 수요로 이어질 수 있다.
병리진단 분야에서도 AI 기반 정밀진단이 대두됨에 따라, 홀로토모그래피로 얻은 3D 세포영상 데이터를 활용해 진단 정확도를 높이려는 시도가 나올 수 있다.
이러한 바이오 연구용 장비 시장 전반이 성장함에 따라, 토모큐브를 비롯한 관련 기업들의 매출도 높은 성장률을 이어갈 것으로 보인다.
시장조사에 따르면 홀로토모그래피 기술 기반의 3D 라이브셀 이미징 플랫폼 시장은 2024년2031년 연평균 17~18% 이상 성장할 것으로 전망되고 있다.
Global Holotomography Microscopy Supply, Demand and Key Producers, 2025-2031 – Market Research Report Store

결국 각 응용 분야의 고성장세가 홀로토모그래피 장비 수요의 급증으로 직결될 가능성이 크며,
‘25년 이후로는 연구소뿐 아니라 제약사, 병원 등에서도 장비 도입이 가속화될 것으로 예측된다.
토모큐브 2세대 장비 vs. 나노라이브 성능 비교
홀로토모그래피 분야의 글로벌 경쟁 구도를 보면, 스위스의 나노라이브(Nanolive)가 토모큐브의 주요 경쟁사로 알려져 있다.
두 회사 모두 2010년대 중반 세계 최초로 3D 홀로토모그래피 현미경을 상용화했으며,
살아있는 세포의 3D 위상영상을 제공하는 기술을 보유하고 있다.
그러나 토모큐브의 최신 2세대 장비(HT-X1)는 기존 1세대 제품들과 경쟁사 제품 대비 여러 기술적 개선점을 통해 “Holotomography 2.0”으로 평가받고 있다.
특히 전체 매출 중 2세대 장비 매출 비중을 ’22년 34.4%에서 1년만에 81.5%까지 끌어올렸다.
토모큐브 “홀로토모그래피 기술로 바이오 분석 분야의 대표 기업으로 성장할 것”

이렇게 높은 성과를 시현하고 있는 2세대 장비의 핵심 강점과 차이점은 다음과 같다.
레이저 대신 LED 광원 적용 – 노이즈 감소 및 고재현성
기존 토모큐브 HT-1/HT-2 시리즈와 나노라이브 장비는 레이저를 광원으로 사용했는데,
이로 인해 간섭성 노이즈(speckle)가 발생하고 민감한 보정 절차가 필요하다는 문제가 있었다.
Tomocube, Insights From the Customer ‘Holotomography 2.0’ – 바이오스펙테이터

토모큐브 2세대 HT-X1은 세계 최초로 LED 기반 홀로토모그래피를 구현하여 이러한 노이즈 문제를 획기적으로 해결했다.
레이저보다 결맞음이 낮은 LED 광원을 사용함으로써 배경 무늬나 간섭 노이즈가 제거되었고,
별도의 배경 보정 없이도 선명한 영상을 얻을 수 있다.
그 결과 사용자가 아주 숙련되지 않아도 버튼 하나로 항상 동일한 품질의 영상을 획득할 수 있을 만큼 이미지 재현성이 향상되었다.

반면 경쟁사 나노라이브 장비는 1세대에서 토모큐브와 동일하게 레이저 기반이었고, 노이즈 문제를 피하기 어려웠다.
토모큐브는 LED 도입을 통한 근본적 해결책을 제시함으로써, 신호 대 잡음비(SNR)와 해상도 측면에서 우위를 확보했다.
실제 HT-X1으로는 레이저 간섭 무늬 없이 미토콘드리아, 핵, 지질 방울 등 세포 소기관을 150nm급 고해상도로 더 또렷하게 관찰할 수 있으며,
이러한 수준은 기존보다 개선된 사실상 초고해상도(super-resolution) 영역에 들어간다.
멀티웰 플레이트 대응 – 고속 대용량 스크리닝 우위
제약∙바이오 산업에서는 한 번에 여러 시료를 동시 분석하는 고속 대량스크리닝이 중요하다.
그러나 레이저 기반 1세대 홀로토모그래피 기기는 시료용기가 제한되는 문제가 있었다.
경쟁사 나노라이브는 멀티웰 이미징 수요에 대응하기 위해 자사 장비에 맞춘 특수 96웰 플레이트를 제작하여 제공했지만,
웰 높이를 줄여 용량이 일반의 1/3~1/4(100µl)로 작아지고 재료가 달라지는 등 연구자 입장에서 제약이 있었다.
토모큐브 HT-X1은 기존 상용 멀티웰 플레이트(6웰, 12웰, 24웰 등)를 그대로 장착할 수 있도록 광학계를 설계하여, 고객이 쓰던 용기를 그대로 사용하면서 대량 실험을 수행할 수 있게 했다.
Tomocube, Insights From the Customer ‘Holotomography 2.0’ – 바이오스펙테이터

이는 약물 농도별 대조군 실험 등 한 번에 여러 조건을 찍어내는 제약회사 스크리닝에 최적화된 기능이다.
즉, 토모큐브 2세대 장비는 별도 특수 소모품 없이도 멀티샘플 동시 측정이 가능하므로,
경쟁사 대비 운용 비용이 낮고 활용 유연성이 높다.
이러한 차이는 특히 오가노이드 다중 약물테스트나 다수 배아 동시 배양 관찰 등에서 토모큐브 장비가 더 편리하고 생산성이 높은 결과를 낳았다.
반면 나노라이브의 기존 솔루션은 연구자들에게 익숙하지 않은 전용 플레이트를 써야 하므로 확산에 한계가 있었고,
토모큐브는 이 부분에서 현장 니즈에 맞춘 설계로 사용자의 수용도를 높였다고 볼 수 있다.
두꺼운 시료 및 고밀도 세포 관찰 – 적용 분야 확대
HT-X1은 관찰 가능한 시료의 두께와 밀도 범위도 크게 넓혔다.
기존 1세대 홀로토모그래피는 레이저 간섭 노이즈로 인해 세포 밀도가 높은 배양 또는 수백 마이크로 두께 조직을 볼 때 어려움이 있었으나,
2세대 장비는 이를 극복하여 최대 약 150μm 두께의 3D 샘플까지 관찰 가능하다.
이는 지름 수십~100μm에 이르는 오가노이드, 배아, 조직절편 등을 별도 절개 없이 통째로 관찰할 수 있는 수준이다.
Tomocube, Insights From the Customer ‘Holotomography 2.0’ – 바이오스펙테이터

경쟁사 나노라이브 장비도 기본적인 3D 세포촬영은 가능했지만, 이렇게 두껍고 복잡한 시료에서는 해상도 저하나 측정 불안정 문제가 있었다.
토모큐브 HT-X1은 광학계와 알고리즘 개선으로 다중산란에 따른 복원 정확도 감소를 보완하여, 밀집 세포 배양, 3D 조직 모델, 집합 배양된 면역세포 등에서도 선명한 영상을 제공한다.
이로써 적용 분야가 세포 단일체 연구에서 조직 수준 연구로 확대되었으며, 재생의학, 조직공학, 병리진단 등 두꺼운 시료를 다루는 영역에서 경쟁사 대비 뛰어난 성능을 발휘한다.
암치료 혁신 이끌 원천기술 소개…토모큐브, 차세대 플랫폼 ‘시선집중’ – 아시아경제

자동화 및 장시간 생체 역학 관찰
HT-X1에는 고속 자동 초점(Auto-focus)과 일체형 인큐베이터가 탑재되어 있어 장시간 라이브셀 관찰의 편의성과 안정성이 높다.
장비 내부에 Tokai HIT의 셀 인큐베이터 시스템을 통합함으로써 세포를 장비 안에서 CO₂ 공급, 온도/습도 제어를 하며,
72시간 이상 배양 관찰해도 세포 증식이나 생존율이 정상 인큐베이터와 동일하게 유지되며,
홀로토모그래픽 조명 자체가 비(非)광독성적이어서 장시간 촬영해도 세포에 손상을 주지 않는다는 것이 검증되었다.
Tomocube, Insights From the Customer ‘Holotomography 2.0’ – 바이오스펙테이터

이러한 기능들은 배아 발달 타임랩스나 면역세포의 암세포 살해 과정 등 길게 지속되는 생체 현상을 연속적으로 기록하는 데 필수적이다.
나노라이브 장비 역시 장시간 촬영을 지원하나, 토모큐브처럼 인큐베이터를 완전 통합하지는 않았고 별도 장치로 운영했다.
토모큐브 2세대는 “현미경 속 배양기”를 구현하여 사용자의 편의성과 데이터 신뢰성을 높였다.
이로써 숙련자 뿐 아니라 초심자도 손쉽게 장시간 실험을 설계할 수 있고, 실험 실패율을 낮춰 연구 효율을 극대화해준다.
토모큐브 장비 성능 차이로 나타나는 분야별 성과
위와 같은 기술적 업그레이드를 통해, 토모큐브 2세대 홀로토모그래피는 경쟁사 대비 뚜렷하게 데이터 획득 속도, 품질, 적용 대상 측면의 성능 우위와 현장 적용성의 개선을 이루었다.
나노라이브 역시 새로운 제품을 개발하겠지만 현재로선 토모큐브가 한 세대 앞서가는 “게임체인저”로 평가되고 있으며, 이러한 기술 리더십이 곧 시장 점유율 확대와 고객층 증가로 이어질 가능성이 높다.
각 응용 분야별로 다음과 같이 더 나은 결과를 창출할 것으로 예상된다.
요약하면, 토모큐브의 2세대 HT-X1 홀로토모그래피 플랫폼은 경쟁사 대비 기술적 우월성을 바탕으로 각 응용 분야에서 더 뛰어난 결과를 창출할 것으로 보입니다.
신약개발 분야
다중 웰에서 동시다발적 약물 스크리닝이 가능해짐에 따라,
제약사는 HT-X1을 이용해 한 번에 수십~수백개의 조건을 병렬 테스트할 수 있다.
나노라이브의 경우 특수 96웰 사용으로 일부 구현했지만 토모큐브는 표준 멀티웰을 활용하므로 기존 자동화 로봇이나 실험 프로토콜과 쉽게 통합된다.
이에 따라 신약 후보물질의 페노타이핑 스크리닝 속도가 향상되고, 얻은 데이터의 신뢰성도 (노이즈 문제가 없으므로) 높아져 신약 개발 효율을 높이는 성과 차이를 가져온다.
Tomocube, Insights From the Customer ‘Holotomography 2.0’ – 바이오스펙테이터

레이저 노이즈 제거로 미묘한 세포 변화도 감지 가능해져,
예컨대 약물 처리 후 미토콘드리아 붕괴 여부나 핵 농축도 변화 등을 경쟁사보다 명확히 확인할 수 있어 약물 작용기전 파악에 유리한 정밀데이터를 제공한다.
IVF/배아 분야
토모큐브 2세대 장비는 배아를 일반 배양용기 그대로 장비 내에서 배양하며 3D 촬영할 수 있고,
비교적 큰 배아(∼150μm)도 전체를 고해상도로 기록할 수 있다.
경쟁사의 경우 배아 전체 3D 촬영은 가능하지만,
장비 내 환경 유지 면에서 토모큐브처럼 최적화되진 않았다.
HT-X1은 배아에 적합한 안정적 배양환경과 비침습 영상을 제공하므로,
임상 배아선별 과정에서 배아 손상 없이 발달 정도를 정량 평가하는 성과를 기대할 수 있다.
이는 기존 현미경이나 타임랩스 카메라로는 할 수 없던 정밀분석으로,
예컨대 배아 내부 세포덩어리(ICM)의 굴절률로부터 잠재적 착상능력을 예측하는 등 더 나은 임상결과로 이어질 수 있다.
즉, 토모큐브 장비 도입 시 IVF 성공률 향상이라는 직접적인 성과 지표의 개선이 예상됩니다.
재생의료/세포치료 분야
HT-X1의 두꺼운 시료 관찰 능력은 줄기세포 콜로니나 조직유사체를 연구하는 데 강점이 있다.
경쟁 기기로는 노이즈 때문에 어려웠던 고밀도 세포 시트(sheet)나 3D 세포집합의 내부까지 들여다봄으로써, 세포치료제 배양 시 세포 분포와 건강도를 전체적으로 모니터링할 수 있다.
또한 자동화와 높은 재현성 덕분에 제조 공정 중 여러 배양 배치를 동시에 비교 분석하여 이상 여부를 조기에 발견하는 등 생산 효율과 품질을 높이는 성과를 기대할 수 있다.
나노라이브 장비도 기본적인 세포 분석은 가능하지만, 토모큐브 장비처럼 대량 공정에 맞춘 자동화와 안정성이 검증되진 않았다.
토모큐브 2세대가 현장에서의 사용성도(낮은 다운타임, 높은 처리량)도 더 좋은 편이다.
정밀진단/기초연구 분야
전반적으로 100nm급 고해상도 3D 영상을 손쉽게 얻을 수 있다는 점에서,
토모큐브 2세대는 향후 다양한 연구에서 데이터의 질과 양을 향상시켜준다.
예를 들어, 혈액 세포 검사의 경우 경쟁사 대비 더 선명한 세포 소기관 영상으로 백혈구의 활성화 정도나 암세포의 미세 구조를 파악할 수 있어 새로운 진단정보를 제공할 수 있다.
또 세균 관찰에서도 세포 하나하나의 굴절률 분포 변화를 정량화해 항생제에 대한 세균의 반응성을 실시간 측정함으로써, 기존 배양법보다 신속한 약제선택 시험 결과를 얻는 등 임상진단 성과도 기대된다.
2세대 관련 토모큐브 특허의 보호력 평가
토모큐브는 2세대 현미경(모델명 HT-2H) 핵심 기술에 대한 특허를 다수 확보하고 있다.
주요 특허들과 그 내용, 그리고 이를 통해 구축된 진입장벽 효과는 다음과 같다.
토모큐브/분기보고서/2025.05.15
광 산란 패턴 검출 장치 및 방법 (KR 등록, ’15)
레이저 등의 조명광이 세포를 통과하며 생성하는 산란 패턴을 효과적으로 검출하는 기술이다.
홀로토모그래피 영상의 정확도를 높이기 위한 교정 및 데이터 수집 방법에 대한 것으로,
경쟁사가 유사 기법으로 광학계의 정밀도를 확보하는 것을 어렵게 한다.
이 특허를 통해 토모큐브는 장비의 재현성과 정확도를 보호할 수 있다.
공통 경로 정량 위상 현미경 유닛 (KR 등록, ’15)
레이저 간섭계를 설계할 때 참조경로와 샘플경로를 동일하게 하는 공통경로 방식은 주변 진동이나 온도 변화에도 안정적인 영상을 얻도록 해준다.
토모큐브는 이러한 공통경로 QPI(Quantitative Phase Imaging) 광학계에 대한 특허를 확보하여,
경쟁사가 동등한 안정성의 3D 위상영상 장치를 만드는 것을 법적으로 제한한다.
이는 잡음이 적고 정밀한 홀로토모그래피 구현이라는 강점을 독점하는 효과가 있다.
초고속 고정밀 3차원 굴절률 측정 방법 (파면 제어기 활용)
(KR 등록 ‘17, 미국·일본·중국 등록)
SLM(Spatial Light Modulator)이나 고속 위상 변조 장치(파면 제어기)를 이용해 빛의 입사각을 빠르게 전환하면서 다각도의 홀로그램 데이터를 획득하는 기술이다.
이는 Tomocube 2세대 장비가 배양 중인 세포를 수 초 내에 3D로 스캔할 수 있는 비결로,
경쟁사가 유사한 고속 3D 촬영 방식을 채택할 경우 특허 침해에 해당될 수 있다.
특히 Nanolive 등 경쟁사가 전통적으로 채택했던 시료 회전식 광학 단층촬영(회전 스캔) 방식과 달리, Tomocube는 전자적 광각 스캔 방식을 특허로 보호함으로써 속도와 정밀도 면에서의 우위를 지키는 장벽을 확보했다.
백색광 정량 위상 이미징 유닛 (KR 등록, ’17)
저간섭성의 백색광원을 활용한 QPI 기술로,
레이저 기반 장비의 약점인 스펙클 노이즈를 감소시키고 세포에 대한 광독성도 줄이는 방법이다.

이 특허로 2세대 장비가 노이즈 없는 고해상도 영상을 강점으로 내세울 수 있었으며,
경쟁자가 유사한 광원 구성(예: LED 기반 홀로그래피)을 도입하여 영상 품질을 개선하려 할 경우 특허장벽에 직면하게 된다.
자동 보정 집광렌즈 기반 자동 초점 조절 기술 (KR 등록, ’18)
배양 샘플 관찰 시 초점을 자동으로 맞춰주는 하드웨어/소프트웨어 기술로,
시간 경과에 따라 초점이 어긋나는 것을 실시간 보정해준다.
이는 장시간 타임랩스 촬영에 필수적인 기능으로,
토모큐브는 이를 특허화하여 경쟁사가 비슷한 자동 초점 안정화 기능을 구현하기 어렵게 함으로써 편의성/사용성 측면의 우위를 지키는 보호장치를 마련했다.
3차원 굴절률 영상과 형광 구조화 조명 현미경의 통합 시스템
(KR 등록, ‘18; 미국·일본·중국 등록)
홀로토모그래피(무표지 3D 굴절률 영상)와 구조화 조명 기반의 형광 현미경(SIM)을 하나의 시스템에서 구현하는 기술이다.
2세대 장비는 동시 or 교차로 형광 이미징과 굴절률 이미징을 취득할 수 있는 것이 강점인데,
이 멀티모달 통합 기술을 보호하는 특허를 통해 경쟁사가 동일한 복합 기능을 모방하기 어렵게 만들었다.
Nanolive도 형광 모듈이 있는 제품을 내놓았지만,
Tomocube의 특허는 구조화 조명을 활용한 고해상도 형광-위상 통합이라는 구체적인 구현을 선점하여 해당 영역의 진입장벽을 높였다.
AI 및 딥러닝을 활용한 홀로그래피 영상 분석 기법
(KR 등록, ’18 등 다수)
토모큐브는 3D 굴절률 영상과 딥러닝을 이용한 세포 분류(KR 등록, ’18)나 비표지 세포의 3D 분자영상 생성방법(KR·US·JP 등록, ’21~’22) 등 영상 소프트웨어 관련 특허도 확보하고 있다.
이러한 알고리즘 특허들은 장비 그 자체는 아니지만, 장비와 결합된 AI 소프트웨어의 경쟁 우위를 지켜준다.
경쟁사가 홀로토모그래피로 얻은 데이터를 가지고 유사한 AI 분석 기능(예: 특정 세포 판별, 배아 품질 예측 등)을 제공하려 할 때 법적 장애물이 될 수 있다.
이는 향후 홀로토모그래피 생태계에서 부가가치 창출 영역까지 선점하여 종합적인 진입장벽을 형성하는 효과를 낼 것으로 전망된다.
토모큐브 특허의 보호력 평가
토모큐브의 2세대 제품 관련 특허들은 광학 구성, 하드웨어 설계부터 소프트웨어 알고리즘에 이르는 광범위한 혁신 요소들을 망라하고 있다.
이를 통해 경쟁사들이 단순히 유사 기기를 제작하는 것뿐만 아니라,
성능 향상을 위한 핵심 수단들(예: 고속 스캐닝, 저노이즈 광원, 자동초점, 다중모달 통합, AI분석)을 함부로 따라하기 어렵게 만들었다.
특히 Nanolive와 같은 경쟁사가 유사한 수준으로 기술을 고도화하려면,
기존 회전형 홀로그래피 방식 외에 파면제어나 비간섭광 활용 등의 접근이 필요한데,
이러한 부분이 모두 Tomocube의 특허 포트폴리오에 의해 방어되고 있다.

물론 특허는 특정 구현에 대한 권리로, 경쟁사가 완전히 다른 원리로 우회할 가능성은 존재한다.
그러나 토모큐브가 구축한 특허망은 현실적으로 3D 홀로그래픽 현미경 분야에서 생각할 수 있는 주요 구현들을 대부분 선점하고 있어, 사업적 보호력이 상당히 견고하다.
이는 시장 1위 기업의 기술적 우위를 수년간 유지하는 원동력이 될 뿐만 아니라,
후발주자에 대한 진입장벽을 높여주는 무형자산이다.
해당 특허들의 존속 기간 역시 이러한 보호 효과를 뒷받침한다.
일반적으로 특허권은 출원일로부터 20년간 유효하며,
2세대 장비 특허들의 출원 시기(’13~’18년)를 고려하면 ‘30년대 중반까지 유지된다.
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’13년 출원된 초기 광학 특허는 ‘33년경 만료되며,
’16~’18년 출원된 기술들은 ‘36~’38년까지 유효하다.
따라서 향후 10여 년간 토모큐브는 자사의 핵심 기술에 대한 독점권을 갖게 되어,
그 기간 동안 경쟁사가 유사 제품을 내놓는 데 강력한 억제력으로 작용할 것이다.
(일부 바이오/의료 분야 특허에서 존재하는 특허권 연장 제도는 주로 허가에 장기간이 소요되는 의약품 등에 해당하므로, 2세대 장비 특허는 특별한 연장 없이 20년 룰이 적용)
결국 토모큐브의 폭넓은 특허 포트폴리오는 기술적 진입장벽을 높임과 동시에 독자적인 기술노선을 보호함으로써,
2세대 장비의 사업적 경쟁력을 상당 기간 공고히 지켜주는 역할을 할 것으로 분석된다.
내재가치 평가
앞서 분석한 적용 분야와 기술 경쟁력을 바탕으로,
토모큐브의 향후 실적을 세 가지 시나리오 – Bad, Base, Good – 로 나누어 2세대 장비 관련 특허가 유지될 것으로 예상되는 향후 10년간 실적 추이를 추정해보겠다.
토모큐브는
1) 전방시장 자체의 연 20% 이상 성장률
(오가노이드 22%, IVF 23.7%, 세포/유전자치료제 20~30%, 3D 라이브셀 이미징 17~18%)
2) 경쟁우위에 기반한 시장점유 확대
라는 “중첩된 성장 모멘텀”을 보유하고 있다.
이에 따라 향후 매출 성장률은 Bad Case라도 점유율이 유지되면서 시장 성장률을 추종하는 20%수준으로 나타난다.
Base case에는 최근 ’20~’24년 토모큐브 연평균 매출성장률(약 65.8%)과 분야별 시장평균 성장률(~20%)의 평균치인 약 40%대 성장을 가정했다.
이 경우 점유율은 연 평균 20% 증가하여 24년 기준 1% 수준인 점유율이 10년 후 6.19%로 증가하는 것을 의미한다.
토모큐브의 기술적 우위, 첨단 의료 연구, 신약 개발 프로세스에 있어 2세대 장비의 성능상 우위를 감안하면 이는 결코 과도한 목표가 아니다.
Good case에는 ’20~’24년간 현재까지 진행되어 온 고성장(평균 성장률 연 65.8%)가 기술적 우위와 신규 시장 개척을 바탕으로 앞으로도 지속되는 것을 가정한다.
실제로 토모큐브는 혁신적인 홀로그래피 기술로 전통 현미경으로는 불가능했던 응용 분야(예: 혈액세포 진단, 살아있는 오가노이드의 3D 분석 등)를 개척하고 있어,
각 세부 분야에서의 침투율 상승이 전사 매출의 고성장을 이끌 가능성이 충분하다.
이러한 성장세가 이어진다면 토모큐브의 10년 후 홀로토모그래피 시장 점유율은 43.4%로 증가한다.(Base Case에서 말했던 바대로, 독점적 기술 우위를 감안하면 10년 뒤 시장의 절반 정도 점유율을 차지하는 것이 다소 낙관적이지만 과도한 기대치는 아니라고 생각한다)

이러한 높은 매출 증가와 더불어, 비용 측면의 효율화도 기업 가치 전망에 중요 요소다.
현재 토모큐브의 매출원가율(COGS 비율)은 초기 단계임에도 불구하고 해마다 뚜렷한 개선을 보여왔다.
예를 들면, 2020년경 매출 총이익률(Gross Margin)이 약 50% 수준이었으나 2022년에는 60% 이상까지 상승한 것으로 나타난다.
이는 생산 공정 개선과 규모의 경제 효과로 제품 단가 대비 생산비용이 빠르게 감소하고 있음을 시사한다.
회사 측도 내부적으로 “프로세스 관리 효율화를 통한 비용 절감”을 중요한 성공 요인으로 언급하고 있어, 대량생산 체제가 갖춰지면 매출원가율은 더욱 낮아져 마진이 확대될 가능성이 크다.
나아가 판관비(SG&A)와 R&D 투자 역시 매출 증가 대비 효율화될 여지가 있다.
초기 글로벌 시장 개척과 제품 개발을 위해 판관비와 연구개발비가 상당히 투입되었으나,
토모큐브는 이미 세계 10여 개국에 유통 파트너를 확보하는 등 기반을 마련한 상태이며,
매출 상승에 따라 이러한 고정비 성격의 비용 비중은 자연스럽게 낮아질 것이다.
예를 들어 현재 판매관리비가 매출을 상회하여 영업손실을 내고 있지만,
향후 매출이 연 40~60% 성장하는 동안 판관비 증가는 그보다 완만하게 유지된다면 영업레버리지 효과로 상당한 이익 개선이 가능해진다.
실제 회사는 2023년 조직효율화를 단행하여 일시적으로 매출이 줄었음에도 비용 구조를 재편한 바 있으며, AI를 활용한 판매 지원, 생산 아웃소싱 등을 통해 비용 효율을 높이는 전략을 추구하는 것으로 보인다.
최근 5년간 매출 증가율과 매출원가 증가율, 영업비용 증가율의 관계를 바탕으로 Bad, Base, Good Case별 매출원가 증가율, 영업비용 증가율을 추정하여 이러한 추이가 향후에도 연장될 것으로 가정하고 영업이익을 도출하였다.
그리고 순이익은 영업외손익과 법인세를 감안하여 영업이익의 90% 로 가정했다.
할인율은 글로벌 바이오기업 밸류에이션 하단인 PER 20의 역수로 5%를 가정했으며,
35년 이후 영구성장률은 보수적으로 2%로 가정했다.

이렇게 산출해본 결과, 토모큐브의 기술적 우위에도 불구하고 점유율이 1%에 머무르는 매우 비현실적인 최악의 시나리오에도 현재 시총 수준은 정당화된다.
(적정가치 3,274억 대비 현 시총 3,326억원은 약 1.6% 정도 고평가된 수준)
보수적으로 10년 뒤 6% 수준의 점유율을 차지한다고 보수적으로만 가정하여도 10배거의 시총이 정당화된다.(적정가치 3.55조)
현재의 기술우위를 감안하면 43.4% 수준의 시장을 점유하는 것이 보수적 추정이라고 생각되지 않지만 ‘낙관적 가정’이라고 꼬리표를 달아두고 내재가치를 측정해보면 26.4조가 정당화된다.
여기에 글로벌 기업으로서의 프리미엄을 조금 더해준다면 현재 시총으로부터 100배거도 무리한 목표치가 아니다.
결론
이러한 기술적 우위를 면밀히 판단한 결과, 홀로토모그래피 2세대 장비를 독점적으로 판매할 수 있다는 것이 첨단 의료 시장에서 어떤 의미인지 명확히 이해한다면 현재 가격에 지분을 모아가는 것은 현명한 판단이라는 결론에 도달했다.
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