현재 유일한 커버기업 토모큐브가 오랜 기간 하락을 이어가고 있다.

36.1% 하락하면서 시장 대비 최악의 퍼포먼스를 보여줬다.
물론 삼성전자, 하이닉스가 좋은 수익률을 보여줬지만 LTO 수익률은 그만큼 더 초과손실을 기록했다.
시장은 지금 바로 돈을 버는 삼성전자 하이닉스에 집중하고 있는 것 같다.
거기에 비하면 적자기업 토모큐브의 밸류에이션은 터무니 없어보일 수 있다.
하지만 그럼에도 토모큐브가 마지막 남은 커버기업이 될 정도로 좋은 기업이라는 것을 확신하는 이유, 그리고 최근 토모큐브의 사업 현황을 업데이트하는 시간을 가져보려고 한다.
FDA 현대화법 3.0
NAM을 선호하는 빅파마
지금까지는 신약 개발시 전임상단계에 동물 실험이 의무화되어 있었다.
하지만 동물 실험은 비용이 많이 드는데도 데이터를 사람에 적용했을 때 유용성이 떨어진다.
그래서 동물애호 단체(정치인), 규제당국, 제약회사 모두 동물 실험 폐지를 선호한다.
FDA는 2026년 3월 NAM 초안 가이드를 내면서, 기존에는 동물에서 후보물질의 유해성을 평가했지만, 그런 시험을 통과해도 인간 임상에서 안전성·효능 문제로 많이 실패한다고 설명했다.
제약사 입장에서 동물실험은 비싸고 느리다.
로이터는 단클론항체 개발에서 현재 동물시험이 보통 1~6개월 걸리고, 평균 비인간 영장류 약 144마리, 마리당 5만 달러 비용이 든다고 보도했다.
결국 빅파마와 제약 생태계는 동물실험의 인간 예측력 한계를 인식하고 있으며, 검증된 NAM이 규제적으로 인정될 경우 이를 적극 도입할 유인이 크다.
다만, 단기적으로는 동물실험 전면 폐지보다, 동물실험을 줄이고 오가노이드·장기칩·AI·in silico 모델로 보완하는 하이브리드 방식이 현실적이다.
결국 실제 고객인 빅파마나 CRO에서 일하고 있는 임상 전문가 ‘설득’과 그에 따른 ‘도입 속도’의 문제이며, 26.3월 주총에서 CEO 용근님도 이런 현실적인 지점의 어려움을 토로한 바 있다.
FDA 현대화법은 이런 도입 속도, 설득력을 가속화해준다.
FDAMA 3.0
FDAMA 3.0의 핵심은 동물실험을 법으로 전면 금지하는 것이 아니라,
22년 FDAMA 2.0이 이미 열어 둔 비동물(nonclinical) 자료 허용을 FDA 하위 규정에 실제로 반영하도록 1년 내 interim final rule을 내리게 하는 데 있다.
법안은 FDA가 “not later than 1 year after the date of enactment” 하에 “shall publish an interim final rule” 하도록 요구한다.
그리고 그 규칙은 하위 규정에서 “animal” 시험·자료·연구 등의 표현을 “nonclinical”로 바꾸고, 법률상 정의된 nonclinical test를 하위규정 정의 조항에 넣으라고 지시한다.
또한 이 interim final rule은 즉시 효력을 갖도록 했다.
상원안 S.355는 2025년 12월 16일 만장일치 동의(unanimous consent)로 통과했고, 하원안 H.R.2821은 2025년 4월 10일 발의된 뒤 2026년 5월 21일 에너지·커머스 위원회 전체 마크업 일정에 실제로 올라가 “held a markup” 상태까지 진전했다.
다만, 하원 전체위원회 결과나 본회의 통과는 아직 확인되지 않아 최종 입법 완료는 아니다.
또한, 이 법이 곧바로 동물실험을 이제 그만하라는 의미는 아니다.
어디까지나 FDAMA 3.0은 FDA 규정 속 기본 표현과 심사 프레임을 animal-specific에서 nonclinical-general로 바꾸는 법이다.
따라서 동물시험을 법으로 금지하는 것이 아니라, 동물시험이 기본값처럼 남아 있는 규정 문구를 없애고 비동물시험을 정식 선택지로 올리는 것이다.
FDA의 2025 로드맵도 장기적으로 동물시험을 예외로 만들겠다고 하지만, 단기적으로 “validated NAMs”, “weight-of-evidence”, “specific scientific question cannot yet be answered by NAM” 등 과학적으로 필요한 경우 동물자료를 요구할 여지는 남겨뒀다.
다만, FDA는 입법 동향과 별개로 빠르게 움직인다.
25.4.10일 FDA는 mAb와 기타 약물 개발에서 동물시험 요구를 단계적으로 줄이거나 잠재적으로 대체하겠다고 발표했고,
mAb에서 1개월 동물시험+NAM에서 우려 신호가 없으면 통상 6개월이 걸리는 영장류 독성시험을 3개월로 줄이고, 장기적으로 3~5년 안에 동물시험을 예외로 만들겠다는 비전, 반기별 추적지표 등을 명시했다.
토모큐브 매출 성장에 미치는 영향
FDA 현대화법이 통과되는 것은 동물실험 폐지 의지를 확인하는 상징적 이벤트이지,
실질적으로 사업에 영향이 있는 이벤트는 아니라 생각된다.
FDA가 장려하는 NAM 패키지의 대표 예시가 organoid, organ-on-chip, 인간세포 기반 assay, AI/in silico 모델이고,
이런 플랫폼이 규제 제출용 데이터로 올라가려면 결국 비파괴·정량·재현 가능한 3D readout(규제상 조건을 충족하는 객관적 지표)이 필요하다.
경쟁 장비 현황
물론, 토모큐브의 홀로토모그래피 장비와 경쟁하는 장비는 다수 존재한다.
아래 실적발표 프레젠테이션에서 제시되는 경쟁사만 해도 5개사 정도 있는데,
이들의 스펙들을 한 번 살펴보자.

독일 Sartorius의 Incucyte SX5
label-free HD phase imaging과 최대 5개 형광 채널, 4x·10x·20x 자동 터릿, 최대 6개 마이크로플레이트 병행 운용을 지원한다. organoid assay와 organoid culture QC까지 응용 범위를 공개하고 있다.
다만 이것은 인큐베이터 내 long-term live-cell/high-throughput에 강한 플랫폼이지, 3D 굴절률 지도로 세포 내부를 정량 단층화하는 holotomography는 아니다.
Sartorius도 더 두꺼운 3D 모델용으로는 CX3에서 confocal fluorescence를 전면에 내세운다. 즉, Incucyte는 워크플로는 훌륭하지만 토모큐브와 같은 측정 원리를 대체하는 장비는 아니다.
즉, Incucyte는 인큐베이터 안에 들어가는 자동 관찰 시스템이다.
세포가 자라는 동안 꺼내지 않고 계속 찍는다.
여러 plate를 동시에 돌릴 수 있으므로 장기 배양 모니터링, 세포 증식, 세포 사멸, migration, organoid culture QC에 강하다.
하지만 Incucyte의 label-free phase imaging은 기본적으로 세포나 오가노이드의 외형·면적·성장 변화를 보는 데 적합하다.
세포 내부의 3D 굴절률 분포, 건조질량, 소기관 수준 구조를 직접 단층화하는 방식은 아니다.
따라서 Incucyte는 토모큐브의 대체재라기보다 상류 모니터링 장비에 가깝다.
오가노이드를 많이 키우고, 잘 자라는지 관리하는 데는 Incucyte가 편하다.
그중 일부 샘플을 더 깊게 정량 분석하려면 토모큐브 같은 장비가 필요해질 수 있다.
미국 Molecular Devices의 ImageXpress HCS.ai
brightfield label-free, widefield fluorescence, confocal fluorescence를 모두 지원하고, 2D·3D assay, organoid, spheroid, organ-on-chip, AI 분석, plate automation까지 제공한다.
이 역시 high-content screening 강자지만, 본질은 X-Y-Z 이미지와 후처리 분석의 자동화이지, label-free 3D RI tomography는 아니다.
토모큐브 대비 장점은 throughput과 plate workflow이고, 약점은 표지·광학 구성과 실제 세포 내부 굴절률을 직접 정량하는 점에서 다르다는 것이다.
ImageXpress는 약물 스크리닝 공장형 장비다.
수백~수천 개 웰을 자동으로 촬영하고, brightfield, widefield fluorescence, confocal fluorescence와 AI 분석을 붙여서 대량 데이터를 만든다.
제약사 입장에서는 실용적이다.
약물 후보를 많이 넣고, 어떤 후보가 세포를 죽이는지, 어떤 후보가 특정 표지 신호를 바꾸는지 빠르게 볼 수 있다.
하지만 ImageXpress의 중심은 plate automation + fluorescence/confocal + AI 분석이다.
따라서 ImageXpress는 토모큐브보다 throughput과 자동화가 강하다.
비표지 이미지를 쓰더라도, 세포 내부 굴절률을 직접 측정하는 ODT/HT 방식과는 다르다.
토모큐브는 ImageXpress보다 비표지 3D 정량성이 강하다.
신약개발 현장에서는 둘이 경쟁할 수도 있지만, 고처리량 1차 스크리닝은 ImageXpress, 정밀 phenotype·organoid 구조 분석은 토모큐브로 나뉠 가능성이 있다.
일본 Nikon AX/AX R, 독일 ZEISS LSM 910·Lightfield 4D
일본 Nikon AX/AX R은 광범위한 confocal·multiphoton 라인업으로 organoid와 organ-on-a-chip, deep imaging, multicolor, AI/딥러닝 보정, 대형 FOV, 최대 720 fps 같은 장점을 갖고 있다.
독일 ZEISS LSM 910과 Lightfield 4D도 3D/4D live imaging과 멀티컬러, 고속 볼륨 이미징을 제공한다. 그러나 Nikon과 ZEISS 공개 페이지는 모두 형광 기반 실험 셋업을 전제한다. ZEISS Lightfield 4D는 표준 widefield fluorescence excitation을 쓰며, 80 volumes/s까지 가능하지만 공개된 최대 해상도는 2.2×2.2×2.8 µm 수준이다.
따라서 이들은 “빠른 3D/4D 형광 관찰”에는 강하지만, 비표지 정량 RI tomography가 필요한 경우 다른 문제를 푼다.
이 장비들의 강점은 내가 보고 싶은 분자나 세포에 형광표지를 붙이면 아주 선명하게 볼 수 있다는 것이다.
예를 들어 암세포, 면역세포, 특정 단백질, 세포사멸 마커를 색깔별로 나눠 볼 수 있다.
하지만 약점도 명확하다.
형광표지는 세포를 건드린다.
장기 반복 관찰에서는 광독성 문제가 생긴다.
세포치료제나 수정란처럼 “건드리면 안 되는 샘플”에서는 표지 자체가 불가능하거나 매우 제한된다.
토모큐브는 이 빈틈을 찌른다.
IR은 기존 형광·염색 방식이 세포 사멸·손상·변형을 유발할 수 있고, 3차원 세포 구조체를 죽이고 얇게 썰어 염색해야 하는 한계가 있다고 설명한다.
반면 HT 방식은 전처리 없이 비표지 분석이 가능하고 살아있는 3차원 세포 구조체를 장기간 관찰할 수 있다는 점을 내세운다.
나노라이브
토모큐브와 가장 직접적으로 겹친다.
공개적으로 label-free 4D live cell tomography를 제공하고, 기존 3D Cell Explorer 계열은 해상도 <200 nm를 내세운다.
다만 나노라이브의 비교표를 보면 기존 3D Cell Explorer와 fluo의 기본 볼륨은 90×90×30 µm이고, 96focus도 z 방향은 30 µm다.
반면 토모큐브 HT-X1 Plus는 “보다 두꺼운 오가노이드 측정 가능”이라는 포지션을 강조한다.
light-sheet 계열
light-sheet 자체는 높은 속도와 optical sectioning을 갖지만, 일반적으로 fluorescence 기반이고, 투명·얇은 샘플 또는 cleared sample, 특수 마운팅이 요구된다.
lattice light-sheet도 얇고 투명한 시편에 유리하며 깊은 시편에서는 품질 저하가 나타나고, 문헌 수준에서 20~100 µm 이상 깊은 곳은 adaptive optics가 필요할 수 있다고 설명된다.
쉽게 설명하면 Light-sheet는 큰 3D 샘플을 빠르게 찍는 형광 현미경이다.
배아, 조직, 오가노이드처럼 입체 구조를 빠르게 볼 때 강하다.
특히 샘플이 투명하거나 clearing 처리되어 있으면 강력하다.
하지만 일반적인 light-sheet는 형광 기반이다.
형광표지, 마운팅, 샘플 투명도, 광학 접근성에 영향을 많이 받는다.
또 깊은 샘플에서는 산란과 왜곡이 커져 adaptive optics 같은 보정이 필요할 수 있다.
따라서 light-sheet는 “빠른 3D 형광 볼륨 관찰”의 강자다.
토모큐브는 “비표지 3D 정량 굴절률 분석”의 강자다.
둘은 완전한 대체관계라기보다 연구 목적에 따라 선택되는 장비다.
결론 : 니치마켓에서의 토모큐브 독점력
세포 이미징 시장은 다양한 관찰 대안이 존재하며,
목적과 시간·비용 제약에 따라 다른 장비가 더 적합한 경우도 있다.
다만, 3D로 살아 있는 상태의 세포를 형광 염색 없이 높은 해상도로 관찰하기 위한 대안은 토모큐브의 HT-1 Plus, Max 외에는 존재하지 않는다.
오가노이드에서는 같은 샘플을 계속 추적해야 한다.
오가노이드는 작은 미니 장기다. 중요한 것은 어느 한 순간의 사진이 아니라, 시간이 지나면서 어떻게 자라고, 무너지고, 약물에 반응하고, 회복하는지다.
형광 염색이나 고강도 광조사는 세포를 손상시키거나 생리 상태를 바꿀 수 있다. 또 고정·절편·염색 방식은 샘플을 죽여야 하기 때문에 같은 오가노이드를 어제, 오늘, 내일 계속 관찰할 수 없다.
토모큐브가 강조하는 지점은 바로 이 부분이다. 회사는 HT가 비표지 3D 이미징과 정량 분석을 제공하고, 세포·조직 영상 관리 및 정량 분석 소프트웨어, AI 기반 분석까지 결합한 플랫폼이라고 설명한다.
IVF에서는 성과를 위해, 그리고 윤리적 이유에서 샘플을 건드릴 수 없다.
IVF, 즉 체외수정에서는 관찰 대상이 배아다. 배아는 연구용 세포주와 다르다. 염색하거나 유전자 조작하거나 손상시키면 안 된다.
기존 배아 선별은 주로 명시야 현미경으로 외형을 본다.
그런데 외형만 보면 착상 가능성이 높은 배아를 정확히 고르기 어렵다.
토모큐브 IR은 HT와 Virtual Biomarker를 이용한 수정란 선별 프로젝트를 진행 중이며, 1세포기에서 blastocyst 단계까지 72시간 동안 3D 고해상도 관찰 가능함을 확인했고, AI 기반 배아 선별 알고리즘 95% 정확도를 제시한다.
또한 인간 배아 연구 IRB 승인을 위한 광독성 테스트를 진행 중이라고 설명한다.
세포치료제에서는 품질검사(QC)가 제품을 망치면 안 된다.
세포치료제는 살아있는 세포 자체가 제품이다.
CAR-T, 줄기세포, iPSC 유래 치료제는 세포가 살아 있어야 치료제가 된다.
그런데 품질검사를 위해 세포를 죽이거나 염색해버리면, 그 샘플은 더 이상 치료제로 쓸 수 없다. 그래서 세포치료제 생산에서는 비침습적 품질검사가 매우 중요하다.
토모큐브 IR도 세포치료제 생산 및 QC 공정에서 HT 기반 분석 소프트웨어를 통해 품질을 개선하고, iPSC 선별, 세포치료제 QC용 정량지표 제시, 다양한 세포치료제 개발 기업과 협업 가능성을 제시한다.
결론적으로 Sartorius Incucyte, Molecular Devices ImageXpress, Nikon, ZEISS는 모두 훌륭한 장비다.
하지만 이들은 대체로 형광 기반 관찰, plate 기반 고처리량 스크리닝, confocal/light-sheet 기반 3D 이미징에 강하다.
토모큐브의 강점은, 염색 없이, 살아있는 상태로, 3D 이미지를 만들어서, 세포 내부 구조와 물리량을 정량화하여, 장기간 반복 관찰이 가능하며, 두꺼운 오가노이드·조직 쪽으로 Max를 준비하고 있다는 점이다.
즉 토모큐브는 샘플을 손상시키지 않고 살아있는 3D 생체구조의 물리적 변화를 정량화하는 것이며, 그러한 특성이 오가노이드, IVF, 세포치료제 등 핵심 타겟 시장에서 꼭 필요한 요소들이다.
밸류에이션 : 성장에 대한 신뢰
유리기판 사업에 대해 기대하는 주주들이 많지만, NDA 때문에 공개된 정보가 너무 적어 보수적으로 추정한다는 관점하에 투자 아이디어에 포함하지는 않았다.
다수 고객들과 테스트중이며, 토모큐브 내부적으로도 별도 사업부를 꾸린만큼, 28년부터 상용화되었을 때 옵션 가치로 더해질 것이니 지켜보면 실적을 펑크내는 요소는 아닐 거라고 생각한다.
토모큐브가 각각의 세그먼트에서 누리는 해자, 협상력, 자본배치에 대해서는 여러 번 반복해서 언급해왔기 때문에 더 설명할 필요는 없을 것이다.
혹시 이전 분석 내용이 필요한 분들은 아래 링크를 참조하면 좋을 것 같다.
결국 토모큐브의 주가가 하염없이 내려온 가장 큰 이유는 아마도 서두에 말한 바와 같이 밸류에이션이다.
아무리 좋은 기업도 비싸게 사면 영구손실 가능성이 존재한다.
그렇다면 정말 비싼가?
DCF 및 시나리오별 PER
CEO께서 주총에서 내세웠던 비전, 3D 이미징 시장 10% 점유율을 달성할 때까지는 90~100% 수준의 매출 성장성을 지속할 수 있을 거라는 목표를 신뢰한다면 현재 시총은 너무 싸다.
이에 대해서는 주총 후기 글(토모큐브 주총 후기 : Integrity의 확인)을 다시 확인해보면 좋을 것 같다.
요약하자면, 바이오 3D이미징 시장 규모 8~10조원 중 10% 점유율은 9천억원 내외이며,
25년 110억원에 1.9를 7번 곱하면 32년 매출 목표치가 9,832억원이 된다.
여기에 증권신고서상 27년 OPM 목표 38.3%를 곱하면 영업이익 3,763억원이 된다.
현재 토모큐브의 포지셔닝을 고려하면 매출증가율이 늦춰지지 않을 것이다.(Bull Case)
다만, 보수적으로 매출 증가율이 FDAMA 3.0 통과시까지 60%로 감속할 경우를 Base Case,
영구적으로 60%로 감속할 경우를 Bear Case로 가정하여 밸류에이션을 해보았다.
그리고 상장 이후 공시한 6개 분기 동안 매출액과 당기순이익 사이에는 상당히 안정적 관계가 관찰되어 회귀분석을 통해 분석해본 결과,
분기 순이익=분기 매출×0.756-33.26억원의 관계식을 얻을 수 있었다.

아마도 대략 33.26억원이 고정비, 매출의 24.4%를 부품, 소재, 장비 감가상각, 세금, 영업 등 변동비로 지출하는 구조로 이해된다.

이러한 가정하에 WACC 9.25%, 영구성장률 2%로 30년까지 DCF를 해보면 Bull Case 1.73조, Base Case 1.22조, Bear Case 6876억원이 나온다.
영구성장률이 3%가 되면 Bull 2.24조, Base 1.58조, Bear 8,981억원이다.
WACC, 영구성장률 숫자에 따라 결과가 크게 달라지는데, 점유율 10%, 매출 9천억원이라는 비전에 비추어 보면 극도로 보수적인 목표다.
참고로 시나리오별 30년 점유율은 Bull 3.3%, Base 2.2%, Bear 1% 수준이다.
높은 할인율 때문에도 시총이 상당히 낮게 측정될 수밖에 없는데, 좀 더 단기적으로는 이익과 멀티플을 기준으로 밸류에이션을 하는 것이 더 타당하다고 생각되며, 이러한 기준으로 현재 시총 5,333억원을 평가해보면, Bull Case의 경우 27.4Q TTM PER 27.05, Base Case의 경우에도 28.2Q TTM PER 27.92, Bear Case가 되더라도 28.3Q TTM PER이 27.76이 된다.
즉, 현재와 같이 고성장을 상당 기간 동안 유지해준다면 정상 PER이 되는 기간이 길어야 2~3분기 차이가 날 뿐이며,
각 시나리오별 기준으로 잡은 시점에서 fPER은 Bull Case 10.79, Base Case 11.05, Bear Case 13.78이다.
우리는 밸류에이션에, 그리고 시장이 바라는 이익 레벨에 대해 실수를 할 수 있다.
하지만 나쁜 경우의 수에도 28.3Q까지 인내할 수만 있다면 그 이후로는 이익으로 인해 시총이 “밀어올려”질 수밖에 없다.
그리고 이러한 성장 추세가 앞으로 2~3분기만 지속된다면 시장이 모르고 넘어갈 수 없다.
그 시점이 FDAMA 3.0이 통과되는 시점일지, 2·3분기 실적 발표 시점일지, 연말 실적 발표 시점일지, 아니면 수출통계 발표 시점일지 현 시점의 우리는 알 수 없다.
단지 언젠간 그런 시점이 올 거라는 건 확신할 수 있다.
경영진에 대한 신뢰
하지만 우리는 박용근 CEO 님께서 허투로 비전을 공언하는 분이 아니며,
과대포장하는 것을 경계하는 양심적 경영인이라는 것을 알고 있다.
1분기말 집중된 매출은 2분기로 이연될 것이며, 환율 급등은 수출주 토모큐브에게 매우 매력적인 거시경제 환경이다.
혹자는 이자율 상승을 걱정하지만, 토모큐브는 500억대 매출까지는 증설을 위해 인력 충원 이외에 자본투자가 불필요하며, 26년은 흑자전환의 원년이다.
이자율이 올라가도 자본조달이 불필요하며, 고객인 빅파마는 자본이 풍부하다.
물론 시장에 유동성이 부족하면 썰물이 빠지면서 성장주를 할인한다.
WACC 민감도를 생각해보면 유동성 감소로 이자율이 올라가 악영향을 미칠 수 있다.
하지만, 용근님의 비전대로 회사가 착실히 성장한다면 26년 순이익 17억원, 27년 순이익 106억원, 28년 순이익은 322억원이다.
즉, 26년말 fPER은 50.13, 27년말 fPER은 16.57이다.
야간선물이 하한가를 갔다고 한다.
월요일이 두려운 주말이다.
하지만 그 사실이 토모큐브의 사업을 망가뜨리지 못한다.
그리고 인내의 과실을 언젠가 누릴 수 있을 거라는 기대를 갖고 생업과 가족과의 즐거운 시간에 집중한다면 투자에 성공할 수 있지 않을까?
지난 주 내가 공유했던 이미지를 한 주동안 곱씹어보면서 내가 다른 사람과 비교하는 투자를 하고 있었고 이는 지속가능하지 않다는 것을 깨달았다.
성과 측정은 당연히 중요하다.
하지만 그 측정의 기준이 시장 수익률과의 비교여서는 안 되며,
내가 이 방법으로 계속 노력했을 때 지속가능한 수익을 누릴 수 있는가여야 한다.
평생을 동행할 수 있다고 생각하는 기업, 평생 10번만 매매할 수 있다고 할 때 살 수 있는 기업,
그런 기업에 투자하고 있는가?
항상 말로는 그렇게 강조해온 원칙을 실제로 지켜왔는지 돌아보게 된다.
토모큐브는 그런 기업이라고 생각한다.
그리고 이런 기업에 투자해야 월요일과 같이 시장이 혼란스럽고,
트럼프가 어떤 난리를 피우더라도 그 혼잡으로부터 자유로울 수 있다.
그런 투자가 LTO가 지향해야 할 투자라고 생각한다.
그리고 이런 기업들을 찾고 검증하는 여정을 모든 멤버들이 함께 할 수 있었으면 좋겠다.
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